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大奥御年寄・富士島（萬田久子）たちにより、卯之吉（中村隼人）は誘拐されてしまう。行方を捜索しようと三右衛門（渡辺いっけい）たちが江戸を疾走する中、甲府へと隠密調査に向かっていた源之丞（石黒英雄）も戻り、富士島の出自の秘密が明らかに。三国屋徳右衛門（竜雷太）は住吉屋の怪しい米投機をカラクリを見抜こうと四苦八苦。幸千代と美鈴は卯之吉を救い出すべく、捨身の潜入に臨む。

卯之吉（中村隼人）の策により一度は偽小判の摘発に成功するが、米騒動は収まらない。また美鈴（新川優愛）は卯之吉のついた嘘に傷つき、別れを決意してしまう。そんな中、住吉屋に言いくるめられた両替商たちは、インチキ占い師・呑龍先生のお告げを信じて米投機に財産を投入。米価の値上がりを誘導することで三国屋を追い落し滅ぼそうとする住吉屋の思う壺となる。富士島姉弟は勝利を確信し、最後の仕上げに取り掛かる。

遂に卯之吉（中村隼人）と幸千代の替え玉作戦が大奥御年寄・富士島（萬田久子）に気づかれてしまう。富士島の弟・住吉屋藤右衛門（羽場裕一）は大規模な偽小判の生産に着手する。そのため町では小判の代わりに米が値上がりし、庶民の生活が立ち行かない事態が発生。しかしそんな事態にもかかわらず屋敷の卯之吉は、あるきめんです老師の算法に夢中。一方、民の苦しみを救えず自らの無力を感じた幸千代は、卯之吉に出動を依頼する。

真琴姫は無事、江戸入りし老中・甘利の屋敷に入るが、幸千代とは会えずじまい。その頃、江戸の街では悪質な辻斬りが発生し、幸千代を思わせる幸と書いた紙が残される。卯之吉（中村隼人）は死骸を検分し、犯人は真琴姫を襲った公家崩れの殺し屋だと見抜く。美鈴（新川優愛）は卯之吉との関係が上手く行かず悩む。一方、上京したものの自分と会ってくれない幸千代を思って苦しむ真琴姫を思い、卯之吉は、ある作戦を思いつく。

甲府より、幸千代の許嫁・真琴姫（深川麻衣）が上京することとなった。警護には甲州勤番の侍が、江戸入り後は八巻卯之吉（中村隼人）を敬愛してやまないヤクザの大親分・荒海三右衛門（渡辺いっけい）がそれに加わる。一方、街では川に死体が流れ着き同心たちが捜査を始めるが、調べがまったくできない幸千代を案じた銀八（石井正則）は、屋敷の卯之吉に助けを求める。

幸千代を殺し損ねた大奥御年寄・富士島（萬田久子）は、大名梅本家の三男・源之丞（石黒英雄）を、卯之吉（中村隼人）の友人とは知らずに仲間に引き入れる。一方、江戸の外れの塗師の仕事場で死骸が動くという幽霊怪事件が発生、同心・八巻に身を窶した幸千代が現場を捜査するが、謎は深まるばかり。その頃、弟の幸千代を思いやり、上様から葵の御紋入りの食器が賜われることとなったことを富士島から告げられる。

一向に屋敷に戻らない幸千代（中村隼人）を案じた老中・甘利備前守（松本幸四郎）は、幸千代を南町同心・八巻として活動させるという奇策を思いつく。そのことで南町奉行所では、急に捜査に情熱を燃やす八巻卯之吉（本当は幸千代）の勤務態度に村田（池内博之）たち同僚は戸惑う。一方、甘利の屋敷を訪れた富士島（萬田久子）は、上様からの命として、甘利の屋敷に避難用の抜け穴を掘れと伝える。

将軍の実弟で後継候補の幸千代と同心・八巻卯之吉（中村隼人）がそっくり瓜二つと知った老中・甘利（松本幸四郎）と沢田彦太郎（小沢仁志）は、屋敷から失踪した幸千代の代わりに卯之吉を替え玉にし、幸千代を訪ねて屋敷を訪れた大奥御年寄・富士島（萬田久子）に対してなんとか誤魔化そうとする。一方、江戸見物をする幸千代とその護衛を仰せつかった美鈴（新川優愛）は、金細工師の娘と遭遇する。

桜舞い散る春の江戸。将軍が病に倒れ、徳川政権を揺るがす事態が発生。そんなことなどつゆ知らず、南町奉行所の同心で実は江戸一番の豪商・三国屋徳右衛門の孫である八巻卯之吉（中村隼人）は近頃、寺社巡りにハマり、寺の境内にて自らに瓜二つの謎の男とすれ違う。一方、夜の江戸にて甲府勤番を名乗る謎の籠が襲われる。そこに卯之吉の先輩の南町同心・村田（池内博之）たちが遭遇する…。