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動物園のポンプ室に閉じ込められたガスは、そこで出会ったハイブリットの子供たちと一緒に逃げだす方法を考える。治療法を解明するようシン医師にプレッシャーをかけるアボット将軍。

完全な協力体制ではないものの手を組むことにした2人が、監禁されているガスと子供たちを助け出そうと動き出す。なんとか突破口を見出したいシン医師は、危険な実験を行う。

シン医師と一緒に出かけた先で、数々の驚きの発見をするガス。ビッグマンとエイミーは隠れ場と仲間を探し、ベッキーは新しい友達と親しくなっていく。

ビッグマンが過去に犯した罪に思いをめぐらせる頃、疑惑と怒りの矛先がガスに向けられる。ますます不安を募らせるラニ。ベッキーは新人として訓練を受け始める。

見せしめとしてガスを懲らしめるアボット将軍。成果を発表することになったシン医師は、研究に没頭する。元友人の宿敵に出くわすベッキー。

救出ミッションが始まり、動物園は戦場と化す。大混乱の中、きずなを深める家族や心が離れていく家族など、さまざまな人間模様が入り乱れる。

数々の出来事や障害に遭遇しながら、安全な場所に到着したガス。そこで彼は、バーディが自分を守るために取った行動と自身の出自について新たな事実を知る。

アボット将軍の計画を知らされたガスと仲間たちは、ハイブリットの子供たちを守るため、何があっても断固戦う覚悟で準備を進める。