世界最大のスポーツの祭典「WSG -ワールド・スポーツ・ゲームス-」の記念すべき東京開催を迎えようとしている日本。その開会式に合わせて、日本の技術を総結集した、最高時速1,000kmを誇る「真空超電導リニア」が新名古屋駅と東京に新設される芝浜駅間に開通することが発表された。世界からの注目を集める中、名だたる大会スポンサーが集うパーティー会場で突如事件が発生！企業のトップが相次いで拉致されてしまう異常事態に。その裏には事件を監視する赤井秀一の姿、そして赤井からの指令を待つFBIの姿があった。コナンの推理により、15年前にアメリカのボストンで起きた忌まわしきWSG連続拉致事件との関連性が浮かび上がり、当時の事件もFBIの管轄だった事が判明する。果たしてこれは偶然なのか？世界中から大勢の人々が集まる日本で、一体何が起ころうとしているのか？